Louis XIV fait de la Franche-Comté, une terre française en 1678 (traité de Nimègue) , dorénavant le Jura restera français.

C'est à la fin du dix-septième que les abbés firent construire à Moirans, une maison avec tour, appelée le Château (situé rue du Jura), pour recevoir les dîmes et autres redevances seigneuriales et c'est également à cette période, que les ruines éparses dans le vallon d'Héria et autour du lac d'Antre éveillèrent l'attention des savants de la Province (le jésuite Dunod).

Louis XIV chargea l'Intendant de se rendre sur les lieux. Le Cardinal d'Estrées, abbé de Saint-Claude vint lui-même de Paris en 1698. Les explorations amenèrent les découvertes les plus précieuses et en très grand nombre : murs d'enceinte, portes monumentales, thermes, aqueducs, canaux, théâtre, temples, fontaines publiques, édifices et bains particuliers, forum, statues, ports, autels, colonnes, médailles, marbres de tous les pays et de toutes couleurs, rues pavées. Tout ce qui rappelait les raffinements des lieux, des arts, d'une civilisation très avancée.